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まず1つめは、「通電の仕組み」が違います。
マグニートもEMSも電気を流すことにより自動的に筋肉運動を行うことにかわりはありませんが、筋肉に通電させる仕組みが異なります。
マグニートの場合は、磁界を発生させ、その磁界を変化させることにより電気を起こし通電を行います。

2つ目の異なる点は、「筋肉への刺激の仕方」が違う点です。
EMSは、電気を流して筋肉へ電気刺激を与えることで筋肉の収縮や緩和を促すマシンです。
通常は脳からの電気信号が運動神経に伝わることで筋肉が動きますが、EMSの場合は電気刺激を直接筋肉に与えて半ば強制的に筋肉運動をさせる形になります。
マグニートの場合は、筋肉に直接電気刺激を与えず、運動神経へ作用することで、通常の筋肉が動く仕組み（脳からの電気信号が運動神経に伝わる）とほぼ同じような筋肉運動をさせることができます。

３つ目は、マグニートとEMSでは「電気刺激が届く深さ」が異なります。
EMSの場合は筋肉の表面層に働きかけるため、筋肉の深いところまでエネルギーは届きません。
マグニートの場合は、皮下約7～10cmまでの筋肉全体に均一に刺激を与えられるため、EMSでは鍛えられないインナーマッスルまで鍛えることが可能です。